2011年3月，国务院学位委员会授予上海国家会计学院专业硕士学位授予权（单位招生代码80402），独立开展会计硕士专业学位（MPAcc，代码为125300）、审计硕士专业学位（MAud，代码为025700）人才培养工作。

自2012年9月至今，学院共招收并培养了8届审计硕士专业学位研究生。

2020年拟招收审计硕士专业学位15名（含推免生）。